被教育部指控部分費用支領過於浮濫，副主任年薪比國立大學校長還高，對此大考中心今(26)日也出面反駁，副主任年薪為166萬元，僅比照大學副校長的薪水；大考中心強調，該中心人員的薪資都是依法支領，且每年都召開董事會，教育部也有代表參加，並沒有不合理之處。

教育部公佈大考中心查帳結果，發現不論在人事費、工作費都大有問題。大考中心一位處長年薪160萬元，相當於教育部次長，而副主任更比大學校長薪資還高；且根據教育部統計，大考中心專職人員所支領的工作費，光是96年度就高達4百萬元。

對於教育部公佈的帳目，大考中心副主任洪冬桂批評這是「錯誤資料的錯誤判讀」，她澄清，她的薪資的確比月薪水4萬多元的主任簡茂發還要高，這是因為簡茂發有領退休金，而副主任年薪166萬元，是比照大學副校長，並沒有高於國立大學校長。

另一位處長被指月薪多達10萬元，薪資跟12職等的公務員一樣高，相當於教育部高級司處長的薪水。洪冬桂表示，這位處長資深較久，有20年的資歷，他的敘薪還沒到頂，而且依法支薪，大考中心不能無故減他的薪。

至於工作費項目太細，讓教育部質疑浮濫支領，洪冬桂則說：「這是為了分清楚帳目，不要糊裡糊塗一筆帳，誰在哪段時間、做什麼都會清清楚楚。」她也強調，在大學考試期間，為了不耽誤平日工作，試務人員必須特別加班，而且不可能天天都領。

大考中心要調漲今年大學指考報名費，教育部立刻查帳，發現大考中心不但還有盈餘一點六億元，還有多項帳目不清，教育部要求大考中心取消報名費漲價。　　不但如此，發現大考中心內部的薪資結構和福利，都與一般公務機關大不相同，中心內的員工除了有三節獎金，旅遊補助，薪水也明顯偏高，例如副主任的薪資就比大學校長還多，處長等級的員工，薪水也等同部會次長，教育部除了要求取消只考報名費漲價，也要檢討大考中心的財物運作。
反對虧損轉嫁考生　教師家長籲大考中心凍漲指考費！

反對大考中心調漲指考報名費，教師、家長團體今(26)天召開聯合記者會，質疑大考中心歷年累積盈餘1億8千萬多元，卻以預留重考經費為理由，將虧損轉嫁到考生身上，無法令社會大眾信服，在國內油價水電均凍漲的情況下，要求大考中心也應凍漲指考費用！

全國教師會理事長吳忠泰說，大考中心只宣稱盈餘是作為天然災害重考的預備，可是1億8千萬多元的盈餘，卻超過一次學測或指考的總費用及一年的虧損；另教育部近年課綱的修訂增加支出，對大考中心的虧損也只是短暫性，這些理由不但不能說服社會，反讓民眾懷疑大考中心是否已成為營利單位。

全教會高中委員會主委林清松認為，大考中心是為研究改進大學入學制度與技術、辦理大學入學考試，接受大學招生委員會聯合會委託而成立，但大學招聯會以一紙契約書，就將考試事務全權委託出去，對於這件每年高達2、3億元收入的委外案，不必經過招標、比價，而學生也毫無選擇權。

林清松表示，歷年大學考試重考的情形相當少見，他印象中只有一次敏督利颱風侵台，造成少部份學生重考，他希望大考中心可公佈歷年曾經重考的紀錄及所需經費，否則以預留重考費用為由漲價，他痛批根本是「謊言」，無法讓社會大眾信服。

全家盟理事長謝國清也指出，大考中心作為一個非營利機構，在仍有歷年盈餘1.8億元的情況下，更是應該共體時艱，不該在此刻調漲報名費，增加學生和家長的負擔。

站在學生立場，中學生權利促進會代表楊子瑄則說，教育內容與考試方式不應該完全只掌握在國家或者是某一機構的手中，除了避免作為實現特定意識型態或立場的工具，也讓學生能夠選擇適合自己的校系，讓校系自己決定以何種方式篩選合適的學生。